Để xử lý các chất thải này, ngành chăn nuôi hiện đang áp dụng nhiều công nghệ như ủ phân compost, khí sinh học và vi sinh vật chọn lọc để tăng cường quá trình phân giải chất thải. Trong đó, việc áp dụng đệm lót có nguồn gốc xenlulo làm giá thể cho hệ vi sinh vật lên men phân hủy chất thải trong chăn nuôi đang được. Tuy nhiên, trong việc phát triển sử dụng đệm lót còn một số khó khăn người chăn nuôi cần quan tâm.
Nguyên liệu để làm đệm lót sử dụng 50 – 70% là mùn cưa, phôi bào, do đó để huy động nguồn nguyên liệu lớn là rất khó khăn nên hạn chế việc triển khai ra diện rộng. Cần nghiên cứu thử nghiệm các nguyên liệu khác từ phụ phẩm nông nghiệp để thay thế cho mùn cưa.
Chi phí ban đầu cho đệm lót là tương đối lớn, bình quân 250.000 – 300.000 đồng/con heo lứa đầu và bổ sung 120.000 – 150.000 đồng/con heo các lứa tiếp theo (theo Sở Nông nghiệp và PTNT Hà Nội).
Quá trình lên men của vi sinh vật trong đệm lót đã sinh nhiệt làm nhiệt độ chuồng nuôi tăng, luôn ở mức 30 – 40oC, có thể đến 45oC, do đó ảnh hưởng đến vật nuôi như gà ở giai đoạn vỗ béo, gà sinh sản, heo trên 60 kg, nhất là vào mùa hè.
Tốn diện tích chăn nuôi, khó áp dụng cho chăn nuôi công nghiệp vì không thể nuôi với mật độ cao.
Phải tuân thủ kỹ thuật sử dụng và bảo quản đệm lót để phát huy khả năng phân hủy chất thải của vi sinh vật trong đệm lót.
Do nuôi lưu cữu nhiều lứa trên nền đệm lót nhưng không được phun sát trùng nên mầm bệnh tồn tại trong đệm lót có thể gây ô nhiễm, đặc biệt khi dịch bệnh xảy ra với vật nuôi đang nuôi trên đệm lót sinh học, phải tiêu hủy toàn bộ đệm lót gây ảnh hưởng đến kinh tế cho người chăn nuôi.
Chưa có những nghiên cứu sâu, chuyên ngành về mặt phát thải, vệ sinh an toàn thực phẩm đối với sản phẩm thịt heo, gà, trứng gà nuôi theo quy trình này, tác động của hệ vi sinh vật đến môi trường sống…
Nghiên cứu và thử nghiệm máy cầm tay để xới, đảo đệm lót khi áp dụng ở quy mô chăn nuôi trang trại.
Trong thực tế, nhiều hộ chăn nuôi heo đã khắc phục tình trạng nắng nóng trong mùa hè bằng cách cải tiến chuồng nuôi, 70% diện tích là nền làm đệm lót, 30% làm nền bê tông có gờ ngăn cách với nền đệm lót để có thể dùng nước chống nóng vào những ngày nhiệt độ cao, hoặc trồng cây xanh, cây dây leo phủ lên mái chuồng để tạo bóng mát. Những nơi có mạch nước ngầm cao gây ảnh hưởng đến nền đệm lót đã được cải tiến bằng cách xây dựng chuồng nổi.
Với mục đích giảm ô nhiễm môi trường trong chăn nuôi, việc lựa chọn giải pháp chăn nuôi gà, heo trên nền đệm lót là phù hợp đối với gà có khối lượng cơ thể nhỏ (dưới 2 kg/con), gà không béo; heo có khối lượng dưới 60 kg/con. Người chăn nuôi phải tìm hiểu các biện pháp xử lý chất thải chăn nuôi, điều kiện chăn nuôi của gia đình, lựa chọn giải pháp phù hợp nhất để phát triển chăn nuôi, đảm bảo không gây ô nhiễm môi trường và cho hiệu quả cao nhất.